Fondet skal først og fremst ha som formål å støtte nasjonale tiltak i medlemslandene for mer effektiv implementering av Den europeiske menneskerettighetskonvensjonen (EMK), og derigjennom bidra til å løse den dyptgående krisen Den europeiske menneskerettighetsdomstolen (EMD) befinner seg i. Domstolen har en restanse på ca. 100.000 saker. Fondet skal særlig bidra til tiltak som kan løse strukturelle menneskerettighetsproblemer i medlemslandene og derigjennom forebygge saksanlegg for EMD.
Handlingsplanen fra Europarådets tredje toppmøte i Warszawa i 2005 definerer tiltak for å sikre en mer effektiv implementering av EMK, herunder for å sikre EMDs bærekraft, som hovedutfordringer for Europarådet. På samme toppmøte ble det besluttet å styrke Europarådets Utviklingsbanks rolle for fremme av demokrati, rettsstatsprinsipper og menneskerettigheter. Dette er bakgrunnen for at Utenriksminister Jonas Gahr Støre på Europarådets Utenriksministermøte i Strasbourg i mai 2006 lanserte ideen om å etablere et fond for menneskerettigheter.
Norge er foreløpig eneste bidragsyter til Fondet og vil i første omgang bidra med 1 million Euro. Flere andre medlemsland har imidlertid indikert interesse for å gå inn i Fondet på et senere tidspunkt.